در تیر‎ماه ۱۳۸۶ با تصویب شورای عالی اداری، سازمان مدیریت و برنامه‎ریزی کشور با ادغام در نهاد ریاست ‎جمهوری، به «معاونت برنامه‎ریزی و نظارت راهبردی رییس‎ جمهوری» تغییر نام یافت.

آقای احمدی نژاد در جلسه شورای عالی اداری درباره هدف تغییر عنوان و کارکرد این سازمان گفت که با توجه به تغییر مأموریت‎های سازمان مدیریت و برنامه‎ ریزی کشور، باید ساختار این نهاد نیز دچار تحول گردد که هدف از آن تقویت و ارتقای نظام برنامه‎ریزی و نظارت در کشور است.

و سپس با صدور دستورالعملی خطاب به معاون اول، معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و وزیر کشور، دستور الحاق سازمان مدیریت و برنامه ریزی استان‌ها به استانداری‌های سراسر کشور را صادر و معاونت برنامه ریزی در استانداری ها تشکیل گردید.
باتوجه به جایگاه و اهمیت سازمان مدیریت و برنامه ریزی در کشور و استان ها با انتخاب جناب آقای دکتر روحانی به عنوان رئیس‌جمهور ایران، وی در نخستین نشست خبری خود اعلام نمود که سازمان را احیا می‌کند.[۸] و در روز ۲۸ خرداد (سه روز پس از انتخاب وی به عنوان ریاست جمهوری)، مجلس شورای اسلامی ایران یک فوریت برای تشکیل سازمان مدیریت تصویب نمود.

جناب آقای دکتر نوبخت معاون برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیس جمهور در مورد احیای سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی نیز می‌گوید تشکیل این سازمان از اولویت‌های در نظر گرفته شده است و در ۱۰۰ روز پس از تشکیل دولت تدبیر و امید اجرایی می‌شود. با احیای مجدد سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی دیگر برنامه‌ها و طرح‌های عمرانی و اقتصادی کشور براساس ارادهٔ شخصی رییس‌جمهور تهیه و تنظیم نخواهد شد بلکه کابینه دولت یازدهم براساس نظرات و دیدگاه‌های کارشناسان اقتصادی و صنعتی اهتمام خود را برای اجرای برنامه‌های اقتصادی و توسعهٔ صنعتی کشور به کار می‌بندد که به ایجاد انضباط اقتصادی خواهد انجامید.

و در نهایت در ۱۹ آبان ۱۳۹۳، با دستور رئیس جمهور و تصویب شورای عالی اداری، با ادغام دو معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی و توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رئیس جمهور، سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور، با مصوبه شورای عالی اداری احیاء گردید. و در تاریخ ۷/۲/۹۴ با ابلاغ جناب آقای دکتر نوبخت بعنوان معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان برنامه و بودجه کشور و با عنایت به ابلاغیه شماره ۱۲۹۹۱/۹۳/۲۰۶ مورخ ۲۶/۹/۹۳ رئیس محترم جمهور و رئیس شورای عالی اداری و بند ۲ مصوبه شورای مزبور مقرر شد تمامی وظائف، اختیارات و فعالیت های مربوط به سازمان برنامه و بودجه کشور در سطح استان شامل برنامه ریزی، بودجه ریزی، توسعه مدیریت و سرمایه انسانی، فنی، نظارت و تدوین سیاست های برنامه ریزی استان از استانداری های کشور منتزع و سازمان مدیریت و برنامه ریزی استان ها تشکیل گردید.