وظیفه این سازمان نظارت و مراقبت در اجرای برنامه بود و تحت نظر یک شورای عالی یک هیات نظارت و یک مدیر عامل فعالیت می‌کرد. در طول برنامه هفت ساله عمرانی دوم نیز سازمان برنامه با همین ارکان و وظیفه مشابه مشغول کار می‌باشد.